Koufonisi szigete Kréta délkeleti részétől mintegy 6 kilométerre, a Líbiai-tengerben fekszik, és bár jelenleg lakatlannak számít, évezredekkel ezelőtt nagyobb számban is éltek itt emberek.

Koufonisi szigetét (Koufonisi Island) a térképen az Ierapetra várostól keletre fekvő Makrygialos falu és Xerokambos között kell keresni a térképeken, nagyjából a Kapsa kolostorral átellenben. A Kréta közelében található sziget hat kilométeres hosszával a nagyobbak közül való, területének mérete a nem túl távol eső Chrissi szigethez hasonlít.

Földrajzilag Koufonisi viszonylag változatos sziget: a magas sziklafalakkal védett öblöktől a sík partszakaszokig széles a paletta. A sziget a nevét a környéken található, a tenger és az eső által alakított barlangokról kapta, a ‘Koufonissi’ szó magyarul ugyanis barlangszigetet jelent.

Az 1970-es években a régészek ásatásokat kezdeményeztek itt, és több régi épületmaradvány is feltárásra került. Felfedeztek többek között ókori templommaradványokat, egy ezernél is több főt befogadni képes színház romjait, fürdőhelyiségeket, lakóházak falait. Ezeket az épületrészeket nem csak a mínoszi civilizációnak tulajdonítják, hanem az évszázadokkal későbbi római korból származónak is tartják.

Az ókori építkezések után a második világháború is nyomott hagyott a lakatlan szigeten: az itt található világítótornyot lebombázták a németek, a torony maradványai még ma is láthatóak. Koufonisi sziget területét természetvédelmi területnek nyilvánították, az itt élő állat- és növényfajok szigorú védelem alatt állnak. A sziget körüli vizekben a viszonylagos háborítatlanság miatt a vízi élővilág is igen gazdag, a kristálytiszta tengerben gyakran nyüzsögnek a kisebb-nagyobb halak.

A sziget aranyhomokkal borított partjai miatt igazi strandparadicsom lenne, azonban mivel szervezett formában kevés hajó érkezik a szigetre, csak kis számú Krétán nyaraló jutnak el ide. Főként Makrygialos településről van lehetőség áthajózni, illetve időszakonként Ierapetra kikötőjéből indul Koufonisire néhány kisebb hajó.

Koufonisi ismertebb tengerpartjai a Kamarelles beach (Paralia Kamarelles), a Kato Papaloukas beach, az Asprougas beach, a Chiliaderfia beach, és a Perasma beach, melyeket gyakran fehérbe hajló sziklafalak kereteznek.